纳滤技术在食品工业、饮料工业中应用比较多。主要用来对加工过程中的料液进行浓缩、脱盐、调味、脱色、去除杂质等处理。用能有效除去杂味和盐味而不破坏原有的风味和营养成分。
可以进行脱脂牛奶的处理。该工艺可同时除去牛奶中的食盐和对牛奶的浓缩，食盐截留率约为60%左右。研究了透过流速、压力、溶液温度、溶液浓度对浓缩的影响，比较了纳滤和反渗透的使用。结果表明，用纳滤能有效地除去杂味和盐味，且不破坏牛奶的风味，营养评价高于其它处理方法。Kubei等应用纳滤膜进行了脱脂牛奶的处理，并对使用纳滤膜和进行了比较：使用反渗透处理的乳，由于盐类和乳糖都被浓缩，咸昧和甜味都被增强，所以使乳的总体评价降低。而使用纳滤膜，选择适当的浓缩比进行处理，使得脱脂乳具有盐类平衡的良好风味。研究结果表明，应用纳滤还能有效地除去脱脂乳在储藏过程中产生的各种不良气味物质，且不破坏牛奶风味，营养价值也高于其他处理方法。
纳滤膜技术还可以用于果汁浓缩。果汁的浓缩传统上是用蒸馏法或冷冻法浓缩，不仅能耗大，且导致果汁风味和芳香成分的散失。用反渗透膜和纳滤膜串联起来进行果汁浓缩，以获得更高浓度的浓缩果汁。应用这个技术进行各种果汁浓缩，可以保证果汁的色、香、味不变，也可节省大量能源，提高经济效益。将反渗透与纳滤连用，可得到40％的果汁浓缩液所需的能耗仅为通常蒸馏法的八分之一或冷冻法的五分之一，使用前景非常广泛。
