在使用过程中，反渗透膜元件会受到在给水中可能存在的悬浮物质或难溶物质的污染，这些污染物中最常见的为碳酸钙垢、硫酸钙垢、金属氧化物垢、硅沉积物及有机或生物沉积物。 污染物的性质及污染速度与给水条件有关，污染是慢慢发展的，如果不早期采取措施，污染将会在相对短的时间内损坏膜元件的性能。
反渗透膜的清洗方法：
1、冲洗反渗透膜组件，排除运行过程中的污水和给水通道中的污染物。
2、使用反渗透产水，按清洗配方的要求配制反渗透清洗剂，并混合均匀；调节清洗液的pH值、温度至规定的范围内。
3、将反渗透清洗剂引入膜组件循环清洗约lh，在此过程中应注意要调节清洗液流量，使流量缓慢增加，防止清洗出的污染物将给水通道堵塞。在排掉最初排出的约20％已污染的清洗剂后，将清洗剂及渗出的少量产品水再循环至清洗箱。当pH值变化超过0.5时，应重新调整至目标值。
4、浸泡和再循环(可选择步骤)。浸泡时间通常为1～12h(根据具体污染物的情况定，原则上应尽量减少化学试剂和膜的接触时间)，在进行较长时间浸泡时，应注意保持正确的温度(可保持10％流量循环)。
5、用反渗透产品水进行低压冲洗，除去在清洗系统和反渗透系统中的所有残存2品。
6、按投运步骤重新将反渗透装置投运。应注意在进行清洗后，反渗透产水水质要数小时甚至几天才能稳定下来，尤其在经过高pH值清洗液清洗后。
